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微波在医药业的设备主要应用于药丸（水丸、密丸、水密丸等）、药片、药粉、药颗粒各种口服液、中西药材等的干燥与杀菌处理。
长期以来，我国医药加工业都是采用传统的加热干燥、杀菌方式，如采用热风、远红外进行药品的干燥，用高温高压，钴60等进行杀菌。它们不仅热效率利用率低、加热时间长、占地面积大不利于环保。同时，杀菌要在加压120℃的高温下，保温20~40分钟，而药品的药效和营养成分必将受到一定程度的破坏。而采用微波干燥、杀菌能充分发挥微波干燥、杀菌特性，就可以解决传统加热的弊端。用精心设计的药丸微波干燥机，加工的药丸不龟裂，一致性好，保持原样性，延长了保质期。采用5KW微波口服杀菌的设备，每小时可加工10ML的口服液5000支以上，其杀菌温度仅为80℃左右，时间不到1分钟，微波在制药行业中的应用